地球遭到哥斯拉的毀滅，Haruo的父母被殺害，他作為被選中的一員，逃離到了外星球。但新行星並沒有適合人類的生存環境，於是被選中的人類只能折返。然而回到地球後，這裡已經是2萬年之後的世界了。人類與哥斯拉陷入了一場你死我亡的激烈決戰……